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近日,概述期刊Science Bulletin在线发表四川大学华西病院生物医学大数据扣问院郭安源教悔团队与胸外科袁勇教悔团队的最新T细胞扣问效果。论文题目为An automatic annotation tool and reference database for T cell subtypes and states at single-cell resolution。该扣问针对T细胞扣问中短缺融合的亚型和情景参考谱及自动留心器用,导致留心圭臬不一致、扣问限度难以对比和整合的清贫,建议了系统性处治有诡计,并开荒了高效精确的T细胞亚型自动留心器用STCAT,同期构建了人人最大规模的T细胞参考TCellAtlas(https://guolab.wchscu.cn/TCellAtlas/) 。该扣问为scRNA-seq数据的T细胞分析提供了一套好意思满的处治有诡计,将极大鼓吹免疫学与肿瘤学扣问的发展。
T细胞在免疫系统中演出重要变装,庸碌参与抗感染、抗肿瘤及自己免疫颐养。关连词,由于T细胞的高度异质性,现存扣问短缺圭臬化的T细胞亚型和情景参考,导致不同执行限度难以整合。尽管已有部分scRNA-seq留心器用,但专注于T细胞亚型和情景的器用较少,扣问东谈主员在T细胞精确留心方面濒临诸多挑战。该扣问填补了这一空缺,构建了涵盖35种疾病情景、16种组织起头的T细胞参考谱,涵盖约134万个T细胞,并细化为68种T细胞亚型和情景。扣问团队基于此参考谱,应用分层模子和记号基因改良关节,开荒出高效自动留心器用STCAT,为T细胞扣问提供了宏大而不详的器用。
STCAT简略从含有T细胞的scRNA-seq数据中精确识别T细胞亚型和情景,在多个寂然数据集上的测试限度标明,该器用的准确性较现存关节栽培28%。扣问者应用STCAT,在多个数据集的晚期肺癌患者体内,一致性发现CD4+ Th17细胞显赫富集且赢得了新样本的考证。此外,该器用揭示CD8+ Tn IFN-response细胞在肿瘤免疫颐养无反应患者中富集,并阐明卵巢癌颐养后Treg细胞毒性镌汰,同期分析发现HRD与HRP卵巢癌肿瘤的T细胞亚群散布存在互异。
TCellAtlas数据库:免疫学扣问的进犯资源
为了进一步鼓吹T细胞扣问,扣问团队整合扫数留心信息,树立了TCellAtlas数据库。该数据库提供了详备的T细胞抒发谱,扣问东谈主员可在其中解放浏览数据,并使用STCAT对自有的scRNA-seq数据进行留心和分析。TCellAtlas的树立,为人人科研东谈主员提供了一个高质料、圭臬化的T细胞数据分享平台,助力精确医学和免疫学扣问的发展。此外,扣问者系统分析CD4+和CD8+ T细胞的全景图谱,描写了Treg细胞六种不同情景的分子特征,包括基因抒发、转录因子、代谢、基因富集、疾病散布及细胞因子反应性,揭示其互异性。
鼓吹T细胞免疫学与肿瘤学扣问
该扣问效果为单细胞T细胞扣问提供了进犯器用和数据搭救,为免疫学、肿瘤学等规模的科研东谈主员提供了强有劲的助力。通过STCAT和TCellAtlas,扣问者不错更精确地融会T细胞在不同疾病情景下的功能,为疾病诊疗和免疫颐养提供数据搭救。
该扣问由四川大学华西病院郭安源教悔、雷倩副扣问员、胸外科袁勇教悔共同指引,华中科技大学博士生沈文康和硕士生张楚瑜为共同第一作家。
原文贯穿:https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2095927325002889
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